反滲透設備膜元件污染堵塞的主要原因是由膜面沉積和微生物的滋長而引起的，還對纖維素有侵蝕損害作用。反滲透膜的物理變化，主要是壓實效應引起膜的透水率下降;化學變化主要是由pH值的波動而引起的;游離氯也會使芳香聚酰胺膜性能惡化。

　　因此，反滲透設備膜內要保持余氯量，但是余氯太高，又會引起膜性能下降，故在纖素膜前保持余氯0.1-0.5mg/L，而在芳香聚酰胺膜前余氯要小于0.1mg/L。其清洗處理也是一項細致煩雜的工作，目前國產膜的質量還不夠高，多次清洗膜易損壞。正確的的處理方法是：

　　1、定期用0.1%甲醛溶液，或100mg/L質量濃度的新潔爾滅循環清洗處理至少1h。

　　2、已經污染的反滲透設備膜元件要用2%檸檬酸銨溶液(pH=4-8)進行清洗，或用亞硫酸氫鈉、六偏磷酸鈉、稀鹽酸等來減少錳、鐵及碳酸鹽的結垢。

　　3、有時也用酶洗滌劑對有機物進行清洗。

　　4、清洗壓力控制在0.34-0.98MPa(3.5-10kgf/cm2)，清洗流速為原來水處理流速的2-3倍。